En enero de 1996, Juan Felipe Gaviria Gutiérrez, ingeniero civil de la Universidad Nacional, fue nombrado como rector. Y, desde ese momento, propuso varias transformaciones, empezando por la aprobación de nuevos estatutos en el Consejo Superior.​

Amplió, además, la oferta académica de la Universidad, no sólo en el número de programas, sino en la incursión a nuevas áreas del conocimiento. Así surgieron, entonces, los pregrados en Música, Derecho, Ingeniería Matemática, Ingeniería Física, Comunicación Social y Ciencias Políticas.​

Y esa diversificación también se hizo palpable en el área de posgrados con la creación de programas como la maestría en Ciencias de la Administración que se creó en convenio con la Escuela de Altos Estudios Comerciales (HEC) de Montreal. A su vez, esta alianza sirvió de preámbulo para la creación del doctorado en Administración, que fue el primero en el país.

Entre otros logros de su rectoría están la creación de la Escuela de Ciencias y Humanidades y el impulso a la investigación con la inclusión de los grupos existentes en el escalafón creado por Colciencias.

Para continuar con procesos anteriores, asumió la tarea de seguir con la consolidación de la política de autoevaluación de programas que condujo a EAFIT a obtener, no solo la acreditación de sus pregrados, sino la Acreditación Institucional en 2003.

Por otro lado, se dio a la tarea de convertir EAFIT en una “universidad pública”, esto bajo la premisa de “una Universidad de todos: una Universidad que encuentra su razón de ser en la comunidad”, así se le dieron continuidad a los procesos de creación de becas para estudiantes de bajos recursos económicos.

En el campo cultural los avances también fueron evidentes con la creación de la Orquesta Sinfónica y el Fondo Editorial, todo esto con el fin de abrir aún más las puertas de la EAFIT a la comunidad y convertir su campus en un espacio para la propagación de diversas posiciones ideológicas y culturales.

Luego de hacer realidad muchos de sus proyectos, Juan Felipe Gaviria Gutiérrez presentó su renuncia en 2003 para ocupar la gerencia de las Empresas Públicas de Medellín.