En 1962, luego de la renuncia de Guillermo Ortega Arbeláez, se posesionó como director de la Escuela Alberto Mesa Prieto, un ingeniero civil que fue el que propuso el cambio de nombre de la Institución, de tal forma que integrara también al Instituto Tecnológico, y por eso la sigla pasó de EAF a EAFIT.
En el tiempo en que lideró el rumbo del Plantel, se concretó la construcción de los edificios y traslado a la sede ubicada en La Aguacatala. Él mismo fue quien supervisó la construcción de la nueva sede, que se inauguró en 1962.
Él fue el primer director en presenciar los grados de la primera cohorte del Instituto Tecnológico; también se enfrentó ante la primera huelga estudiantil desatada por un choque entre un alumno y un docente. Ante este hecho, los estudiantes exigían la destitución del profesor, la eliminación de la sanción al estudiante involucrado en el incidente, la creación de un consejo estudiantil y, además, la representación de un estudiante ante el Consejo Directivo.
El 12 de junio de 1964 Mesa Prieto presentó su renuncia. El Consejo Directivo de entonces reconoció los aportes durante su dirección y le otorgó una beca para que se especializara en Estados Unidos.
Datos sacados del libro Universidad EAFIT 50 Años